首先，作为土木工程即不是房屋建筑的隧道工程如实施分包，同样应执行我国《建筑法》。虽然《建筑法》第2条规定该法的调整对象是房屋建筑，但该法第81条明确规定：“本法关于施工许可、建筑施工企业资质审查和建筑工程发包、承包、禁止转包，以及建筑工程监理、建筑工程安全和质量管理的规定，适用于其他专业建筑工程的建筑活动，具体办法由国务院规定。”因此，隧道工程的分包，同样应执行《建筑法》的相关规定。

其次，根据提问所涉及的实际情况，总承包人既负责工程材料供应，同时又有项目经理及相关管理人员进行工程质量、安全等方面的管理，根据国务院《建设工程质量管理条例》第78条关于工程转包和违法分包的相关规定，这种情况并不构成违法分包。本案的分包方式属于劳务分包，不属于工程分包。

至于违法分包中的总包单位的非法所得，是指总包不实施工程管理而获得的利益。从法律层面分析，这部分非法所得实质上是指非法转包从中获利的所得，其认定的根据是看所得者是否有合法依据，没有合法依据的所得属于非法所得。本案的实际情况不属于非法转包或者违法分包，因此，既不存在非法所得的问题，也不存在要不要没收非法所得的问题。