针对第一问，如果双方在合同中明确约定中标后将部分工程含主体工程交由乙方施工的，那么肯定属于违法分包，该协议无效。因为这一协议明显违反了《建筑法》第29条的强制性规定。该条明确规定：“施工总承包的，建筑工程主体结构的施工必须由总承包单位自行完成。”总包不得将工程分包给其它单位施工。对这一问题，国务院的《建设工程质量管理条例》第78条第2款也有明确的规定。

关于第二问，即便乙方是甲方的参股单位也并不影响违法分包行为的成立。法律规定的是主体工程不得分包，与分包单位的主体资格无关，因此参股单位当然也不影响协议因此被认定为无效。

关于第三问，进京资质和施工企业资质是两个概念，对进京资质，法律法规并无强制性规定，因为进京投标资质不是法定资质，只是地方政府的行政性限制措施，这个措施随着市场的发展已经或者很快就会被取消，这在司法实践中已有判例。但是这里要注意一点，如果讨论的是企业施工资质，某一单位原来无施工资质，但是在施工过程中取得了资质的，那么根据《司法解释》第5条的规定，可认定合同有效。